休眠会社でも税務調査の可能性がある？休眠中の注意点を解説！

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開店休業や営業中断など、事実上休眠中となっている会社に対して、税務調査がやって来る可能性はあるのでしょうか。
ここでは、さまざまな事情によって休眠会社となっている場合に税務調査が入る可能性や、休眠中に必要な届出、手続きなどについてわかりやすく解説しています。
休眠会社にする場合の注意点についても紹介していますので、コロナ禍などで休眠会社を持っている際の対処法について知りたい際に役立つ内容となっています。会社の休眠方法について知りたい方は税理士法人松本までご相談ください。

休眠会社とは

休眠会社とは、文字通り「休眠している会社」をさします。会社の営業活動について、何らかの理由により、一時的に停止している状態であるといえるでしょう。

休眠会社の概要

最後の登記から12年以上経過している会社は、休眠会社として扱われます。
株式会社では、役員の変更や事業内容の更新など、さまざまな理由で登記の更新が必要です。
この登記変更が12年以上行われていない場合、その会社は休眠しているとみなされ、そのまま放置すると解散手続きへと移行することとなります。
将来的に事業を再開する予定があり、一時的に営業活動を止めたいだけである場合は、所定の手続きや届出をする必要があります。

休眠会社にするメリットは？

休眠会社は、会社を廃業した場合に比べると事業の再開がしやすく、許認可についても再開時に取り直す必要がないなどのメリットがあります。
税金においても、法人税や消費税、場合によっては法人住民税の軽減も受けることが可能です。
そのため、現在営業していない状態で放置している会社がある場合は、休眠会社としての手続きや届出を検討してみるとよいでしょう。

休眠会社にするための手続き、届出はどうすればいい？

厳密に言うと、休眠会社とするための手続きに「休眠届」というものは存在しません。そのため、法的に休眠会社とするための手続きや届出について、以下に解説していきます。

管轄の税務署・税事務所への届出

まずは、会社を管轄している税務署、都道府県税事務所へ異動届出書を提出します。異動届出書には、休業する旨を記載します。
消費税の納税義務者である場合には、納税義務者でなくなった旨の届出も税務署へ行います。
給与支払事務所である場合は、こちらの廃止届も提出しましょう。

役所への届出

市役所、区役所、町役場などの地方自治体にも、異動届出書を提出します。税務署と同様、異動届出書に休業する旨を記載しましょう。

年金事務所への届出

休眠する会社が社会保険等加入事務所である場合は、年金事務所への届出も必要です。
「健康保険・厚生年金保険適用事業所全喪届」と呼ばれる用紙へ必要事項を記入して、届出をしましょう。

休業届を提出する際の注意点は？

休業届を提出して休眠会社とする際、異動届出書と併せて営業していないことがわかる書類の提出を求められる場合があります。
また、休眠会社では法人住民税について軽減措置が受けられるメリットがありますが、法人住民税の均等割は継続して支払う必要があります。
もう1点、休業届を出さず、登記の更新を行わない方法で休眠会社とする場合、休眠状態を継続できずにみなし解散へと移行してしまう点にも注意が必要です。
休眠状態を継続して、将来的に事業を再開する予定がある場合には、休業届を出して休眠会社とし、役員変更の登記更新を行うことを忘れないようにしましょう。
登記更新の費用や法人住民税のコストを考えた場合に、廃業した方のメリットが大きい場合もあるため、判断に迷ったら税理士などへ相談してみることをおすすめします。

休眠会社に税務調査が入る可能性は？

結論から言うと、休眠会社であっても税務調査が来る可能性は充分にあります。その理由としては、以下のような点が挙げられるでしょう。

休眠会社でも確定申告は必要

然るべき手続きを経て休眠会社にした場合でも、手続きを取らず事実上の休眠状態となっている場合でも、会社が存続している限り確定申告は必要です。
申告内容や営業状況によっては、税務調査に選ばれる可能性もあり得ます。「営業していないのだから、申告も必要ないだろう」と申告しないでいると、無申告状態として調査を受ける可能性も高まるでしょう。
ただ、届出を済ませた休眠会社の場合、毎年の税申告は「売上がゼロである」という申告内容となるため、至ってシンプルとなります。
休眠手続きを取る場合には、毎年忘れずに確定申告をするようにしましょう。

廃業せず休眠会社にするメリットはある？

「各所へ休眠の届出をしても確定申告の必要があるなら、廃業した方がよいのでは？」と考える人もいるかもしれません。
申告については、廃業した方が毎年の手間は省けますが、廃業する場合は解散登記や、各種清算手続きも必要となってくるでしょう。
先で事業を再開する際にも、新たに登記や許認可が必要となるため、スムーズに事業を再開できなくなってしまいます。税理士や行政書士などへ依頼する際の費用も必要です。
休眠会社にするかどうか決めるポイントとしては「再開する予定があるか」「休眠した場合と廃業した場合でのコスト」の2点を比較して検討することとなるでしょう。

いずれを選択する場合でも、先で思わぬ費用が発生することを防ぐため、税務調査や休眠手続きなどに詳しい税理士事務所などへ相談してみることをおすすめします。

まとめ

さまざまな事情で一時的に会社経営をストップする場合には、税務署や役所などへ届出を行い、休眠会社とすることとなります。
休眠会社にすることで各種納税が減免されますが、休眠状態でも毎年の確定申告は必要です。申告をしなかったり、事実と異なる申告をした場合、休眠会社でも税務調査の対象となる可能性は考えられます。
休眠するかどうかは、将来的に事業を再開する予定があるか、廃業した場合のコストとの比較などから総合的に判断する必要があるでしょう。
いずれの場合も、判断に迷った場合は休眠手続きや税務調査などに強い税理士事務所へ相談しましょう。
実績のある税理士事務所なら、最善の方法についてアドバイスをもらえるほか、休眠状態について行政から問い合わせがあった場合などにも、しっかりと対応してもらえるため安心です。