中小企業に税務調査が入った場合の対応方法と調査の流れについて解説

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税務調査は、悪徳な法人や大企業だけではなく、中小企業も調査の対象となります。実際に税務調査が入った場合、どのような対応をすればよいのでしょうか。
ここでは、中小企業に税務調査が入った場合の対応方法や流れについてわかりやすく解説しています。調査の対象になりやすい企業の特徴についても説明していますので、税務調査の基本的な知識について知りたいという場合の参考としてお役立てください。すでに税務調査が入り対応にお困りの方は税理士法人松本までお気軽にご相談ください。

税務調査とは

ひとくちに税務調査と言ってもいくつかの種類があり、それぞれ以下のように分けられます。

強制調査

国税局査察部、いわゆる「マルサ」によって行われる税務調査です。何の予告もなく突然調査の手が入り、会社や倉庫、経営者の自宅などが一斉に調査されます。テレビのニュースやドラマなどで見かけるシーンなどは、この強制調査である場合が多いでしょう。
強制調査は、悪質な脱税や多額の所得隠しなどを行っている疑いがある場合に実施される国税犯則取締法に基づく調査です。

任意調査

一般的な中小企業へ実施される税務調査は、多くの場合この任意調査となります。任意調査は所得税法や法人税法、消費税法の質問検査権に基づき税務署によって行われ、税務署の調査官から「帳簿を見せて欲しい」などの要望に応じるかたちで進められる調査です。
強制調査のように問答無用で証拠品が押収されるようなことはありませんが、任意とはいえ調査対象となれば調査に協力しなければなりません。
任意調査のなかには、実際に会社や店舗へ調査官が訪れて行う実地調査のほか、税務署内で行われる「準備調査」営業実態や不動産などを確認する「外観調査」など、さらにいくつかの調査に分けることができます。

税務調査が入った場合の流れと対応方法

ここでは、一般的な任意調査が入った場合の調査の流れと対応方法について解説します。

税務署から税務調査の連絡を受ける

任意調査の場合、税務署から税務調査で会社や店舗を訪問したい旨の電話連絡を事前に受けるのが一般的です。
調査官が税務調査に入る日程についてもこの時に告げられます。原則として調査を拒否することはできず、出来る限り協力しなければなりませんが、やむを得ない理由がある場合には日程調整が可能です。

税務調査の連絡を受けた際の対応方法

税務調査が入ることになったら、調査当日には税理士に立ち会ってもらうことをおすすめします。税務署から電話で連絡を受けたら「税理士に立ち会ってもらいたいので、日程については対応可能か確認して折り返します」と伝えるとよいでしょう。
電話対応後は、できるだけ早く顧問の税理士へ相談するか、税務調査のみの対応も可能な税理士事務所へ問い合わせをしてみましょう。

突然税務調査がやって来た場合の対応方法

任意調査の場合でも、現況を確認するために抜き打ちで行われる「無予告調査」という税務調査があります。この場合は、調査当日に調査官がやって来て税務調査をしたい旨を告げられます。
この時の対応方法としては「同席してもらいたい税理士が今日は来られないので日程を変えて欲しい」と伝えます。
また、調査官が抜き打ちでやって来た際には
・調査官の身分証明書
・調査される税目（所得税、法人税、消費税など）と目的
・調査対象となる期間（３年分、５年分など）
・調査にかかる期間（通常は1～2日程度）
などを確認するようにしましょう。税務署員を語った詐欺でないかをチェックするため、特に身分証明書は所属と顔写真をチェックしておきます。
調査官が帰ってからできるだけ早くに税理士へ連絡する点は、任意調査の時と同じです。
なお、マルサの行う強制調査の場合、文字通り強制的に調査が行われるため、特に対応できる方法はありません。

税務調査当日の対応方法

税務調査が行われる当日には、必ず税理士に同席してもらうようにしましょう。また、決算書類や請求書、領収書などの書類は、税理士と確認しながら調査日当日までに準備を済ませておくようにします。
当日は税理士が同席していても、経営者に質問が飛んでくることも少なくありません。質問には曖昧な態度を取らず、毅然と答えるようにしましょう。逆に不明な点や、調査官が誤解をしているように見える場合は、遠慮なく質問するとよいでしょう。
調査が終了すると、後日調査結果の通知を受けます。多くの場合修正申告となりますが、追徴課税がゼロとなる申告是認となるケースもあります。

税務調査の対象となりやすい企業

以下にあてはまる場合は、中小企業でも税務調査の対象となりやすいでしょう。

売上や利益の変動が例年よりも大きい

例えば、売上が大きく上がったにも関わらず、経費が例年よりも多く計上されて利益率が低くなっている場合、架空の経費や仕入れを水増しして申告していないかを疑われやすくなります。
売上や経費が例年よりも多くなった年には、概況として理由を記入して確定申告を行うようにするのも1つの手段でしょう。

経営者への借入金や貸付金が多い

代表者や代表者の家族からの借入金が大きくなっている場合も、税務調査の対象となりやすいものです。
会社の資金を借入金や貸付金として不正に計上していないか、家族の収入や会社へ貸すだけの貯蓄が実際にあるのか、といった点を事前に調査される場合もあるでしょう。

役員報酬が適切ではない

役員報酬が多額になっている場合も、利益率を下げる目的がないかを確認されるでしょう。逆に役員報酬が少な過ぎる場合は、実態のない役員となっていないか、実際に行っている業務内容や出勤状況などをチェックされるでしょう。

このほかにも、税務署では独自のシステムを駆使して不審な申告内容を割り出し、ピックアップして税務調査の対象としています。たとえ不正をしていなくても税務調査が入る可能性は充分あるため、不安な場合は早めに税理士へ相談するようにしましょう。

まとめ

中小規模の企業であっても税務調査が入る可能性は充分にあり、悪質な場合は強制調査の対象となりますが、多くの場合は税務署による任意調査を受けることとなります。任意調査であっても、ひとたび税務調査となれば、納税者は協力しなければなりません。不安な場合は税務調査対応の実績が豊富な税理士を同席させるようにして、毅然と説明できるようにしましょう。