法人の税務調査では何が必要？書類や準備の手順、注意点を解説

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法人が税務調査を受ける時には、どのような書類を揃えなければならないのでしょうか。税務調査の流れや、税務調査がいつ来るのかなどについて気になる方も多いでしょう。

この記事では、法人の税務調査で必要な書類や準備の手順に加え、税務調査に選ばれやすい法人や注意点などについて解説しています。

 

法人の税務調査に必要な書類

法人が税務調査を受ける際に準備するべき必要書類について解説します。

法人の税務調査のために準備する主な書類には、以下のようなものが挙げられます。

申告書類一式

法人税や源泉所得税、消費税などの各種税務申告書や決算書類など、申告時に作成、提出した書類一式は提示を求められることが多いため、必ず準備しておくようにしましょう。

 

勘定科目に紐づく書類

申告した際の勘定科目に紐づいた帳簿類も確認されることが多いため準備します。仕訳帳や出納帳、棚卸表、総勘定元帳などに加え、振替伝票や各種台帳、資金繰り表なども揃えた方がよいでしょう。

 

売上、仕入、経費などの裏付けができる書類

領収書や請求書、契約書など、売上や仕入、経費に関する取引が事実であることを裏付けられる書類も必要です。タイムカードや預金通帳なども、直近数年分の履歴をすぐに確認できるようにしておきます。

 

会社の事業内容に関する書類

登記簿謄本や会社概要、製品のパンフレット、議事録など、会社の事業に関連する書類も準備しておくとよいでしょう。

 

このほかにも、会社の規模や事業内容、会計処理の方法によって追加で書類の準備が必要となる場合もあります。会計ソフトやクラウドなど、データで管理している書類がある場合は、いつでも表示できるようにしておきましょう。

 

 

法人の税務調査の流れ

法人に実施される一般的な税務調査の流れについて解説します。

税務調査の概要と種類

税務調査とは、法人税や消費税などの税金の申告が適正にされているかを確認する目的で実施する調査です。税務調査には、税務署が実施する「任意調査」と、国税局査察部が実施する「強制調査」に大きく分けることができます。

国税局査察部が実施する強制調査は、裁判所から令状を取って行うもので、巨額の脱税行為などの疑いがある場合などに限定されることが多く、実施件数も多くはありません。

一般的な法人へ実施される税務調査のほとんどは「任意調査」であるため、ここでは任意調査の流れについて解説していきます。

 

法人へ実施される任意調査の流れ

法人へ実施される任意調査は、以下のような流れを取るのが一般的です。

 

・事前通知および日程調整

任意調査の場合、税務調査を行う旨を事前に通知されます。管轄の税務署や調査官の氏名、調査される税目や調査予定日時、場所などについて電話や書面で連絡があります。事前通知は調査予定日時の概ね数週間前に行われることが多く、日時について都合が悪い場合は、日程調整することも可能です。

なお、任意調査は名称に「任意」とあるものの、調査を拒否することはできません。納税者には税務調査に対して受忍義務と呼ばれる義務があり、税務調査の拒否や妨害をしたとみなされた場合、罰金などペナルティの対象となります。

 

・書類などの準備

上記で挙げた必要書類について、当日訪問を受けて閲覧を求められた時にすぐ提示できるように整理して揃えておきます。

税務調査で調査対象となる期間は前年度だけでなく、直近3期分となるのが一般的です。ただし、繰り返しミスや不正が見つかった場合には5年、悪質とみなされる場合には最大で7年まで遡って調査対象となるケースもあります。

決算書類や帳簿類など、法人には書類の保管義務もあります。保管する義務のある期間は原則として7年、欠損金などがある場合、10年分は保管する必要があります。税務調査当日までに必要な書類やデータの準備を整えておきます。

 

・税務調査の実施

調査日当日には、税務署の調査官が事務所などを訪問し、書類やデータを確認しつつ調査が進んでいきます。

申告内容に関する質問だけでなく、会社の事業内容や取引、得意先や仕入先、従業員に関することなども質問される場合があります。中小規模の法人の場合、調査に訪れる調査官は2名程度で、調査期間は1～3日となることが多いようです。

 

・結果の通知

調査した結果に基づき、修正するべき内容や指導するべきポイントなどが伝えられ、調査後に結果の通知が送付されます。税務調査の結果には、修正が必要とみなされる「修正申告」、強制的に修正される「更正」、特に修正するべき点がないとみなされる「申告是認」の3つに大きく分けられます。

税務調査完了後、通知が送付されるまでにかかる期間は会社の規模や調査した状況などによっても異なりますが、数週間から数か月程度となるのが一般的です。

 

 

税務調査されやすい法人の特徴

法人に税務調査が入る頻度は3～5年に1回程度といわれています。とはいえ「頻繁に税務調査が入る」という場合もあれば「10年近く税務調査を受けていない」という場合もあるなど、法人によって税務調査の対象とされる頻度が異なることがあるのも事実です。税務調査の対象となりやすい法人の特徴について見ていきましょう。

 

売上・経費の額が大きい

法人の中でも、売上や経費の額が大きく、取引規模の大きい会社ほど税務調査の頻度は高くなります。取引量や納税額が大きい分、ミスや間違いのリスクも増え、過少申告などの額も大きくなる可能性が高いからです。

大企業以外にも、急激に売上が上昇した企業や、多額の経費が計上された企業、同業他社に比べて売上や経費の額が突出している企業なども、税務調査の対象となりやすいでしょう。

 

現金取引が多い

飲食業や小売業など、現金取引が多い業種も税務調査の頻度が高くなる傾向にあります。現金取引の場合、入出金の履歴がわかりづらいため、売上の隠ぺいや帳簿の操作が容易なため、税務調査の頻度が高まるだけでなく、実施される調査でも厳しくチェックされる取引の1つとなっています。

 

海外取引が多い

輸出入や海外子会社との取引が多い企業も、消費税に関する申告漏れやタックスヘイブンの不正利用、マネーロンダリングなどの犯罪に紐づく取引の可能性が高まるため、税務調査の頻度が上がる傾向にあります。

 

過去の調査で不正が見つかったことがある

過去に税務調査を受けたことがあり、過少申告や税金の不納付などの不正を指摘されたことのある企業の場合も、税務調査の頻度は高くなるでしょう。

以前指導した内容が守れているか、同じ不正が起きていないかなどについて確認する目的で、年数を空けずに2回目以降の税務調査が実施されるケースもあります。「1度税務調査を受けたからしばらくは大丈夫だろう」と油断することなく、適正な申告・納税に努めることが大切です。

 

申告漏れの多い業種に該当している

国税庁では、税務調査で不正が発覚する割合が高い業種や、1件あたりの不正額が多額な業種などについて、毎年統計を公表しています。

2026年12月に発表された「法人税等の調査実績の概要」によると、2025年度の不正が多かった業種と、1件あたりの不正所得金額が多額であった業種は、それぞれ以下のようになっていました。

 

不正発見の割合が高い業種（法人税）

 

1位：バー、クラブ

2位：その他の飲食

3位：外国料理

4位：美容

5位：大衆酒場、小料理

6位：自動車修理

7位：船舶

8位：土木工事

9位：職別土木建築工事

10位：中古品小売

 

不正1件あたりの不正所得金額の大きな業種（法人税）

 

1位：水運

2位：その他の卸売

3位：映画サービス

4位：医薬品小売

5位：電子機器製造

6位：物品賃貸

7位：バー、クラブ

8位：広告

9位：輸入

10位：その他のサービス

 

参照：国税庁「令和6事務年度　法人税等の調査事績の概要」

 

これら上位業種は毎年順位の入れ替わりや、新しい業種が上位に挙がることもある一方で、毎年上位に位置付けられている業種も複数あります。

飲食店や輸入業など「現金取引が多い」「海外との取引が多い」といった税務調査対象とされやすい特徴を持った業種が上位に入っていることからも、こうした業種へ税務調査が積極的に実施されていると見ることができるでしょう。

また、不正発覚割合と1件あたりの不正が多額の両方で上位になっているバー、クラブは毎年上位にランクインしているため、同業を営む企業は特に注意して適正な申告に努める必要があります。

 

法人の税務調査における注意点

法人の税務調査における注意点について解説します。

 

税務調査では最大で7年遡って調査されることも

一般的な税務調査で調査対象となる期間は、原則として直近の3年度といわれています。ただし、国税通則法上は5年まで遡れることが定められているため、似たようなミスや不正が繰り返し行われている場合、5年度分まで調査対象となる可能性があります。さらに、脱税や隠ぺいなど悪質な行為が疑われる場合には、最大で7年まで遡って調査される可能性もあります。

7年遡及して修正申告を求められた場合、最大で7年分の延滞税等に加え、税率の重い重加算税（最大50％）が課せられる可能性もあり、通常納めるべき税金の何倍もの税金を納めなければならなくなってしまいます。

今は正しく申告できていても、数年前に不正や誤解による申告漏れなどがあった場合、税務調査で指摘されるとペナルティの対象となるため注意が必要です。

 

個人事業主から法人成りした後も要注意

個人事業主から法人へと移行して事業を継続する「法人成り」した直後も、税務調査の確率が高くなります。

その理由としては

・個人よりも法人の方が税務調査対象とされやすい

・個人から法人へと移行する際に不備が発生しやすい

・売上などの意図的な操作を疑われやすい

といった点が挙げられるでしょう。

法人成り後の税務調査では、本来取引が発生した時点で売上や経費を計上せず、法人成り後に計上する「期ズレ」がないか、プライベートの資産と法人との切り分けができているか、個人時代の負債の引継ぎや役員報酬設定の妥当性などについて調査が実施されます。

法人成りを検討中の個人事業主の方や、法人成り後の会計処理に不安がある方、個人事業主時代の申告内容に不安がある方は、一度税務調査対応や法人成りサポートなどの実績が強い税理士へ相談してみることをおすすめします。

 

無申告状態には重いペナルティが課せられる

法人成りする前や、起業して間もない赤字の時期などに無申告の状態がある場合、放置していることが税務調査で発覚すると、延滞税や無申告加算税、重加算税など重いペナルティの対象となるため注意が必要です。

税務調査で無申告を指摘されるより、期日を過ぎていても調査前に申告した方が延滞税も軽減され、追徴課税の税率も軽くなるのが一般的です。

個人事業主も法人も所得の額に関わらず、たとえ非課税であったとしても毎年の確定申告が推奨されています。また、法人の場合赤字であっても課税売上があれば、消費税の納税義務が生じるケースもあります。

無申告期間に心当たりのある方は、税務調査の連絡が来る前に解消しておくことをおすすめします。

 

廃業していても税務調査の対象になる

現在廃業している場合でも、過去の申告内容に対して税務調査が実施されることがあります。特に廃業して3～5年以内の場合、廃業前の申告状況について不審な点がある場合には、税務調査で指摘される可能性があるため注意しましょう。

 

法人の税務調査対応は税理士法人松本へご相談ください

税理士法人松本は、10名以上の元国税ＯＢ税理士が在籍しており、税務調査対応で多くの実績を持つ税理士法人です。

税務調査の事前通知を受けてからのご相談や、顧問なしで税務調査のスポット対応などにも対応可能です。

法人成りのご相談や無申告の解消、申告漏れの心当たりなど、相談しにくいお悩みにも寄り添い、問題解決に向け丁寧にお話を伺います。

ご予約は全国どこからでも、問い合わせフォームやフリーダイヤル、LINEなどからご連絡ください。

 

まとめ

法人の税務調査では、決算書類以外にも取引の事実を裏付ける書類や、会社の事業を説明する資料などの準備が必要となります。税務調査の対象となる期間は原則として3～5年、最大で7年となるため、少なくとも7年分の書類や電子データはすぐに提示できるように準備することが大切です。

適正に申告、納税がなされていれば、税務調査はそこまで怖がるものではありません。税務調査に遭う頻度が高いケースに該当していないか、注意点などもチェックして、必要に応じて専門家のサポートも受けつつ、税務調査に臨みましょう。

 

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