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法人であっても、個人事業主であっても、納税の義務がある人であれば、誰でも税務調査の対象になる可能性があります。
税務調査をまだ受けたことがない場合、税務調査に対して漠然としたイメージを持っていても、どのような流れで調査が行われるのかについては把握していないケースもあるでしょう。
今回は、いつ税務調査の対象になっても困ることがないように、税務調査の流れなど、税務調査について知っておきたい基本的な知識を解説します。
目次
税務調査とは、納税者が申告書類を正しく作成・納税をしているかを確認する調査です。
法人税や所得税は、納税者自身が課税所得額を申告し、納税を行うことが法律で定められています。
すべての納税者が正しく所得を申告し、正しく税金を納めていれば問題はありませんが、なかには所得額を少なく申告するなどの不正を行い、税金の負担を免れようとする人がいるのも実情です。
税務調査は、適正で公平な課税を実現することを目的とした調査であり、税務調査によって申告内容の誤りや不正が発覚した場合には、正しい申告のやり直しが求められます。
税務調査は通年で実施されますが、とくに多く行われるのは7～12月の下半期です。
1～6月の上半期は、所得税や法人税の申告・決算対応で税務職員や税理士が繁忙期に入るため、調査に割ける人員が限られます。このため、上半期に行われるのは、重要度の高い調査に限定される傾向にあります。
一方、下半期は申告業務が落ち着くことから税務調査が本格化し、調査件数も増加するため、この時期に調査が実施される可能性が高いでしょう。
【税務調査の年間スケジュール】
時期
概要
7～8月
調査対象の選定・事前準備を行う。
個人事業主や小規模法人が対象になりやすい時期。
9～11月
税務調査のピーク。
実地調査が集中的に行われる。
12月
翌年の申告準備期間に入るため、税務調査の実施数はやや減少する。
税務調査の対象となる確率は、個人と法人で異なります。
【個人】
個人
法人
所得税（復興特別所得税含む）
消費税
法人税・消費税
申告件数
668万7,000人
197万2,000件
318万件
実地調査件数
4万7,528件
2万6,576件
5万9,000件
税務調査確率
約0.7%
約1.3%
約1.8%
個人に税務調査が入る確率は、おおよそ「1％」とされており、全体としてはそれほど高くはありません。
ただし、所得税と消費税では調査対象となる割合に差があります。
一見すると低い確率に見えますが、この数値には無申告者に対する調査は含まれていないため、実際の調査件数はさらに多い可能性があります。
一方で、法人に対する税務調査の確率は「約1.8%」と、個人よりも高い水準です。これは「約55社に1社」が調査を受けている計算になります。
法人は個人に比べて取引規模が大きく、扱う金額も多いため、税務署が重点的に調査を行う可能性が高いでしょう。
関連記事：【必見】個人事業主に税務調査が入る確率は？ | 調査されやすい特徴や対策までわかりやすく解説
参照：国税庁｜令和5年分の所得税等、消費税及び贈与税の確定申告状況等について
参照：国税庁｜令和5事務年度 所得税及び消費税調査等の状況
参照：国税庁｜令和5事務年度 法人税等の調査事績の概要
参照：国税庁｜令和5事務年度 法人税等の申告（課税）事績の概要
税務調査の実地調査自体は、通常1～2日程度で終了するケースが一般的です。
ただし、大規模な法人や悪質性が疑われる場合には、これよりも長期間にわたる調査となることがあります。
また、実地調査の前後には、事前準備や資料確認、調査後のやり取りなどが発生するため、調査開始から完了までには通常3か月前後を要するのが実情です。
なお、明らかな不正や脱税の疑いがなければ、3か月以内に終了するケースが大半です。
関連記事：税務調査の期間はどれくらい？結果通知までの期間や乗り切るポイントも紹介
税務調査は大きく分けると「任意調査」と「強制調査」の2つに分けることができます。
一般的に税務調査と呼ばれる調査は、税務署の調査官によって行われる任意調査です。
任意調査とはいいますが、税務調査官には税務調査を行う「質問検査権」があり、納税者には調査を受ける「受忍義務」があります。
そのため、任意調査であっても原則として、調査を拒否したり、調査に必要な関係帳簿の提出を拒んだりすることはできません。
もし、正当な理由なく税務調査を拒否したり、帳簿を見せなかったりした場合には、1年以下の懲役、または50万円以下の罰金が科せられる可能性があります。
任意調査では、事前通知がなされたうえで、指定の日時に調査が行われます。
ただし、現金取引メインの業種などによっては無予告調査と呼ばれ、事前通知なしに税務調査を行うケースもあるので、注意しましょう。
強制調査は、「マルサ」と呼ばれる国税局査察部によって行われる税務調査です。
脱税などの不正の証拠を押さえて立件することを目的としており、裁判所の令状を持ち、強制的に調査が行われます。
強制調査の対象となるのは、悪質で巨額な脱税疑惑がある場合であり、強制調査の対象になったときには、調査を拒否することはできません。
また、強制調査は証拠隠ぺいの恐れなどがあるため、事前通知はなく、突然調査が実施されます。
強制調査によって脱税していたと特定されれば、検察庁に告発され、刑事事件として処理されることとなります。
一般的な税務調査である任意調査の流れについて説明します。
まず、管轄の税務署から税務調査を行う旨の連絡が入ります。
事前通知は電話で行われ、以下の事項の通知が行われます。
また、合理的な理由があり、指定の調査日時での対応が難しい場合は、日時変更の協議を求めることができる旨も口頭で説明されます。
事前通知は原則として事業者に対して行われますが、税務代理権限証書に「事前通知に関する同意」を記載している場合は、税務代理人である税理士に事前通知が行われます。
税務署から通知された調査実施日にはすでに重要なアポイントメントが入っていたり、業務が忙しい日であったりと対応が難しい場合もあるでしょう。
そのような場合は、税務署に事情を話すことで日程の調整が可能です。
また、税理士に立ち会いを依頼したい場合などは税理士の立ち会い可能な日時を確認してから、調査日時を調整することもできます。
事前通知の際には、当日までに準備すべき書類の案内が行われるケースがほとんどです。
その場合は、税務署の指示に従って必要な書類を揃えましょう。
もし必要書類についての指示がなかった場合は、一般的に必要となる次のような書類を準備しておきます。
調査当日は朝10時に税務調査官が会社や店舗などを訪れ、17時ごろまで実地調査が行われます。
午前中は帳簿などの書類確認よりも聞き取り調査がメインです。
たとえば以下のような項目を会話のなかで質問されます。
午後から書類の確認が行われ、1日で終了しなかった場合は、2日目以降も引き続き書類や聞き取り調査が実施されます。
調査官が現場を訪問して行う実地調査が終わったら、実地調査の内容や、収集した資料を基に分析が行われます。
分析の結果、指摘や追加の質問がされるほか、場合によっては追加の資料提出を求められるケースも少なくありません。
税理士に対応を依頼している場合には事業者に代わって税理士が対応をしますが、税理士がいない場合は事業者自身が調査官の質問や要求に対応する必要があります。
また、調査結果が出るまでに1か月程度の時間がかかることが一般的です。
調査が終わると、調査結果が報告されます。
調査結果は、問題がなかった場合の「是認」、調査官の指摘事項を受け入れて申告内容を修正する「修正申告」、指摘事項に納得がいかず修正申告を行わない「更正」の3パターンです。
是認の場合は、そのまま調査は終了となり、修正申告の場合は修正し、不足分の税額や加算税を納付します。
更正の場合は、国税不服士審判所の審査を経て、裁判で争うことになります。
税務調査で確認されやすい8つのポイントを紹介します。
売り上げの「期ズレ」とは、本来その期に計上すべき売り上げや費用を、意図的に別の期へずらすことを指します。
たとえば、売り上げを翌期に繰り延べたり、費用を前倒しで計上したりすることで利益を操作し、納税額を減らす行為です。
こうした行為は違法な会計操作（不正会計）とみなされ、税務調査で発見された場合には、修正申告や追徴課税の対象となる可能性が高くなります。
意図的ではなかったとしても、会計処理のミスや会計基準の誤解によって期ズレが生じた場合は、適切な修正が求められます。
とくに、長期プロジェクトや事業年度末の売り上げ・仕入れでは期ズレが起きやすいため、慎重な処理と証憑の保存が重要です。
税務調査では、売り上げの期ズレや除外がないかを入念に確認されるため、取引日・請求日・入金日などの整合性を日ごろからチェックしておく必要があります。
前年と比較して、特定の勘定科目で大幅な増減がある場合は、税務調査で重点的に確認されます。
たとえば、「売り上げが前年比で急減している」「交際費や外注費など一部の経費が急増している」といったケースです。
このような大きな変動があった場合、税務署からはその合理的な理由や背景を説明するよう求められます。
変動自体は違法ではありませんが、裏付けとなる契約書・見積書・取引記録などの提出を求められることが多く、正当な事業活動であることを証明できることが重要です。
目安として、前年と比較して10%以上の変動がある項目については、あらかじめ説明資料を準備しておくと安心です。
現金取引が多い業種では、現金の出入り記録が不十分なことが多く、税務調査でとくに注目される項目です。
たとえば、飲食業や小売業、サービス業などでは、現金売上・現金支出が多いため、売り上げの除外や経費の水増しといった不正が起きやすいと判断される傾向にあります。
そのため、税務署は「現金出納帳」「レジ記録」「伝票類」「銀行への入金状況」などを照合しながら、実際の現金収支と帳簿上の記録に相違がないかを確認します。
とくにチェックされるポイントは以下のとおりです。
現金管理に不透明さがあると、調査範囲が拡大される可能性もあるため、定期的な帳簿チェックと適切な証憑の保存が不可欠です。
役員報酬や貸付金の処理は、税務調査で不正や利益操作が疑われやすいポイントの一つです。
役員報酬は「定期同額給与」「事前確定届出給与」「業績連動給与」のいずれかの形式に従っていないと、損金算入が認められないため、注意が必要です。
たとえば、支給額を年度の途中で変更したり、事前届出なしで特別報酬を支払ったりすると、損金不算入として課税対象となる恐れがあります。
また、役員に対する貸付金で以下のようなケースは、役員による私的流用や利益供与とみなされ、否認されるリスクがあります。
とくに、役員と法人の資金の混同があると、調査官の印象も悪くなりやすいため、明確なルールと管理体制を整えることが大切です。
関連記事：役員貸付金がある場合は税務調査で指摘を受けやすい？
参照：国税庁｜No.5211 役員に対する給与（平成29年4月1日以後支給決議分）
経費の適正性も税務調査で非常に重要なチェックポイントです。
以下の点が主に確認されます。
とくに注意が必要なのは、飲食代や交通費などプライベートと混同されやすい費用です。高頻度で利用している店舗の領収書や、証憑のない支出については、事業との関連性を明確に示せない場合、否認される可能性があります。
経費の記録は単に領収書を保管するだけでなく、支出の内容や目的、参加者名などもメモしておくと有効です。
製造業や卸売業など在庫を多く抱える業種では、在庫の適正な管理と計上が重要です。
在庫は決算における売上原価の算定に直結するため、棚卸資産の計上漏れがあると、売上原価が過大となり、本来納めるべき税額が減少してしまいます。
【計算式】
当期売上原価＝期首棚卸高＋当期仕入高ー期末棚卸高
とくに注意すべきは、「未着品」や「トラック品（発送済未納品）」です。これらは計上タイミングの判断が難しく、処理を誤ると在庫の計上漏れにつながります。
在庫の計上ミスは、結果的に「期ズレ」とも関連し、悪質な脱税手段としても使われやすいため、税務調査では重点的に確認される項目です。
外注費と人件費の区分が曖昧な場合も、税務調査で厳しく確認されるポイントです。
一見、外部委託のように見える支払いであっても、実態としては自社の指揮命令下で働く「従業員」と判断されれば、「外注費」ではなく「人件費」として扱われるべきものになります。
人件費に該当するにもかかわらず外注費として処理していた場合、本来であれば発生する労災保険や社会保険料などの法定負担を免れる結果となるため、問題視される可能性があるでしょう。
とくに以下のような実態があると、税務署は「偽装請負」として否認する傾向にあります。
外注費として正しく処理するためには、業務委託契約書の作成、成果物ベースでの報酬支払い、業務の独立性の確保が重要です。
関連記事：税務調査で否認される外注費と給与の判断基準とは？争点になりやすいポイントをわかりやすく解説！
グループ企業間での取引がある場合、税務調査では重点項目として扱われます。
これは、利益の移転によって納税額を操作する行為が行われやすいためです。
たとえば、黒字企業が赤字企業に対して高額な業務委託料や手数料を支払うことで、意図的に利益を圧縮するスキームが疑われるケースがあります。
グループ内取引がある場合は、その取引が合理的かつ市場価格に基づいたものであることを説明できる資料（契約書・相場データなど）を用意することが重要です。
税務調査で指摘を受けた場合には修正申告を行うか、更正処分を受けることになります。
税務署の指摘を受け入れ修正申告を行う場合は、指摘事項に沿って修正申告書を作成し、提出します。
しかし、税務署から指摘を受けた事項であっても、解釈の違いによっては誤りとは言い切れないケースも少なくありません。
税理士に税務調査の対応を依頼する場合には、納税者側の主張を伝えることで税務署側の主張をそのまま受け入れるのではなく、互いが納得できる結論を導く交渉が期待できます。
税務調査で指摘された事項があったときには、すぐに修正申告をするのではなく、税理士に相談し、納税者も税務署側も指摘事項に納得できる内容で修正申告をした方がよいでしょう。
修正申告後は、不足分の税額に加え、過少申告加算税や延滞税などの納付が必要になります。
税務署からの指摘事項に納得できない場合は、税務署から更正処分を受けることとなります。
更正された場合でも、修正申告を行った場合に比べて支払う追徴税額が高くなるわけではありませんが、更正された場合は、国税不服審判所に不服の申し立てができ、訴訟を起こすことができます。
しかし、訴訟に発展すれば、手続きに手間と費用がかかる点を踏まえ、修正申告か更正のどちらを選択するか判断するようにしましょう。
税務調査の対象となると、2日にわたって現場で調査が行われ、実地調査終了後も、申告内容について度々確認が行われることがあります。
また、指摘事項が多ければ、その分、追加で書類を提出しなければならなかったり、事情を説明しなければならなかったりと、納税者の負担は大きくなります。
通常業務があるなかで税務調査が行われるため、税務調査はできるだけスムーズに終わらせたいと考える方がほとんどでしょう。
では、税務調査をスムーズに終わらせるためにはどのような対策が必要なのでしょうか。
税務調査は、正しく申告しているかを調べる調査です。
そのため、申告内容に何の問題もなければ、スムーズに終了します。
日ごろから適正なルールに基づき、しっかりと帳簿付けするなど、経理処理を的確に行っていれば、税務調査の対象になっても慌てることはありません。
法人の場合、誰が税務調査当日に立ち会いをするのかを決めておきましょう。
会社概要や事業内容などの経営に関連する事項については社長が対応し、具体的な経理上の処理についての対応は経理担当者、従業員の雇用状態については人事担当者など、役割分担を決めておくことも大切です。
税務調査では、帳簿や書類が細かくチェックされます。
調査に必要な書類を準備できていなかった場合、調査官の質問や要求に対応できなかったり、調査官が指摘する事項の証明ができなかったりと調査が長引く可能性があります。
また、事前に準備を求められていた書類以外にも関連する資料の提出を求められるケースもあるので、帳簿や申告に関連する資料などをしっかり揃え、求めに応じて素早く対応できるように準備しておくことが大切です。
必要な書類を準備する際には、内容も確認しておくことが大切です。
もし、鉛筆などで加筆されている箇所があったり付箋が貼られていたりすると、何か不都合なことがあるのではと疑われてしまう可能性もあります。
帳簿や書類に不正を疑われるような書き込みや付箋の貼付がないか、事前に確認するようにしましょう。
税務調査は、納税義務のある人であれば誰でも調査の対象となり得ます。
そのため、いつでも対応できるように税理士に相談できる環境を整えておくと、安心して対応できるでしょう。
税理士は、税務調査の立ち会いが認められているため、税務調査時の質疑応答を税理士に対応してもらうことが可能です。
また、税務調査官からの指摘を受けても、税法についての専門知識がなければ、反論できないこともあるでしょう。
しかし、税法に詳しい税理士であれば、納税者の立場を法的根拠に基づいて主張できるため、修正申告を免れたり、追徴課税額を減額できたりする可能性があります。
税務調査の対応を税理士に依頼すれば、税務調査に必要な書類をしっかり準備できます。
また、事前に確認されることが多いポイントや、指摘されやすそうなポイントについてのアドバイスを受けることができるため、想定される質問に対してどのように回答すべきかの準備も可能です。
そのため、安心して税務調査に臨むことができるでしょう。
税務調査の主な流れは、事前通知後に実地調査の日時調整が行われるケースが一般的です。
顧問税理士がいない場合には、事前通知が入った段階で税務調査に強い税理士に相談することをおすすめします。
税理士法人松本は、数多くの税務調査の対応実績を持つ税理士法人です。
そのため、税務調査をスムーズに終えるためのノウハウを豊富に保有しており、事前準備から当日の立ち会い、税務署との折衝まで一貫してサポートいたします。
初回相談は無料で承っておりますので、税務調査の事前通知があり、困っている場合は早めにご相談ください。
この記事の監修者
税理士法人松本 代表税理士
松本 崇宏（まつもと たかひろ）
お客様からの税務調査相談実績は、累計5,000件以上。国税局査察部、税務署のOB税理士が所属し、税務署目線から視点も取り入れ税務調査の専門家として活動。多数の追徴課税ゼロ（いわゆる申告是認）の実績も数多く取得。
税理士法人松本は国税OB・元税務署長が所属する税理士法人です。
全国からの税務調査相談実績 年間1,000件以上
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