国税局が税務調査に入る理由とは？担当する法人の規模と大口・困難な事案

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国税局が税務調査を担当する背景には、法人の規模などに基づく役割分担や、大口・困難な事案への対応があります。国税局が調査に入ること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。

取引先に国税局の調査が入ったと聞き、自社も対象になるのか不安に感じる社長もいらっしゃるでしょう。調査の担当を考えるうえでは、売上だけでなく、資本金なども確認する必要があります。

国税庁の機構に関する説明によると、原則として資本金1億円以上の法人及び外国法人の法人税、地方法人税、消費税の調査は、国税局調査部が担います。資本金がちょうど1億円の法人も、この「1億円以上」に含まれます。

また、国税局には大口・困難な課税事案を扱う役割もあり、資本金が1億円未満の法人や個人に国税局が調査に入る場合もあります。個別の担当課や調査対象に選ばれた理由は事案によって異なるため、一律には判断できません。

この記事では、税務署と国税局の違いや、国税局が担当する法人の規模、連絡を受けた際の対応を確認します。自社の状況について判断に迷う場合は、税理士に相談してください。

税務署と国税局では何が違う？

税務署は納税者に身近な窓口として個人や法人の調査を担当し、国税局は税務署の指導・監督や大規模法人などの調査を担います。国税局が調査に入る理由には、法人の規模などに基づく役割分担があります。

税務署の法人課税部門は、原則として資本金1億円未満の中小法人を所管します。国税局の調査部は、原則として資本金1億円以上の法人や外国法人の法人税・地方法人税・消費税の調査を担当します。

資本金がちょうど1億円の法人も、原則として国税局の調査部が担当する範囲に含まれます。一方、売上が伸びた会社でも、売上だけで担当が決まるわけではなく、資本金などを踏まえた役割分担があります。

また、国税局は大口・困難な事案を直接扱うこともあるため、中小企業や個人に国税局が関わる可能性もあります。国税局が調査に入ること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。

国税庁の調査課は、国税局調査部が行う法人税などの調査事務を指導・監督しています。自社の調査について判断に迷う場合は、税理士に相談してください。

出典：国税庁「国税庁の機構」、国税庁「国税庁70年のあゆみ」

国税局が担当する法人の規模は？

国税局が法人の調査を担当する理由の一つは、法人の規模などに基づく役割分担にあります。国税局調査部は、原則として資本金1億円以上の法人と外国法人を担当します。

担当の目安は次のとおりです。ただし、これは原則的な分担であり、個別の調査の担当先を資本金だけで断定することはできません。

• 資本金1億円以上の法人：原則として国税局調査部が担当し、資本金がちょうど1億円の法人も含まれます。
• 外国法人：原則として国税局調査部の担当対象です。
• 資本金1億円未満の中小法人：原則として税務署が所管します。

国税局調査部が対象とする税目には、法人税・地方法人税・消費税があります。詳細は国税庁「国税庁の機構」でも確認できます。

資本金が1億円未満でも、国税局が関わる可能性はあります。国税局は大口・困難な事案も扱うため、中小法人だから国税局の調査はない、とは判断できません。

売上が伸びてきた会社でも、売上高だけで担当先を判断することは避けましょう。また、国税局が担当すること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。

連絡を受けた場合は、通知された担当部署や対象税目を確認し、顧問税理士などに内容を伝えて相談してください。実地調査の事前通知は、原則として電話で行われます。

大口・困難な事案とは？調査対象に選ばれる背景

国税局は、大口の課税事案や、税務署では対応が困難な事案を直接扱うことがあります。調査の必要性は申告書や収集した資料情報などを分析して検討されますが、個別の選定理由を外部から断定することはできません。

国税局が担当する背景には、法人の規模に応じた役割分担のほか、事案の性質もあります。中小企業や個人であっても、大口・困難な事案などとして国税局が調査する可能性はあります。

売上が伸びてきた会社の社長にとっては、自社が対象になるか不安かもしれません。ただし、売上の増加だけを理由に国税局が調査に入ると判断することはできず、取引先が調査を受けたことから自社の選定を予測することもできません。

国税局の調査は申告内容などを確認する手続です。調査に入ること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。

また、調査の目的は事前通知の事項ですが、個別に実地調査が必要と判断した理由は、法令上の事前通知事項ではありません。国税庁の税務調査手続に関するFAQでも、その理由は説明しないとしています。

国税庁では課税総括課が、資料情報の事務や大口困難事案の調査等に関する企画・立案、指導・監督を担当しています。国税局の課税部内の個別の担当範囲は一律に断定せず、対象局の組織ページを確認しましょう。自社の状況に不安がある場合は、税理士に相談してください。

国税局の税務調査と査察はどう違う？

通常の税務調査は申告内容などを確認するための調査で、査察は悪質な脱税の刑事責任を追及するための調査です。国税局の担当者が来ることと、査察を受けることは同義ではありません。

通常の税務調査は任意調査ですが、自由に拒否できるという意味ではありません。法令に基づく質問や帳簿書類の検査には対応が必要で、正当な理由なく拒むなどした場合は罰則の対象となることがあります。

一方、査察では、裁判官の許可状に基づいて強制調査が行われることがあります。目的や手続きが通常の税務調査とは異なるため、受けている調査の種類を確認することが大切です。

国税局が調査を担当する背景には、法人の規模などに基づく役割分担や、事案の内容があります。国税局から連絡があっただけで、不正や脱税が確定したと考える必要はありません。

なお、事前通知がない場合も、それだけで査察とは判断できません。通常の実地調査でも、一定の場合には事前通知を行わないことがあります。

調査の種類や対応に不安がある場合は、状況を税理士に伝えて相談してください。査察と税務調査の詳細は、関連記事748・809もご参照ください。

国税局から連絡が来たらどう対応する？

国税局から連絡が来たら、まず担当者と調査の内容を確認し、顧問税理士に伝えましょう。国税局が担当すること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。

電話で事前通知を受けた場合

担当者の所属・氏名を聞き、調査の日程や対象をメモしましょう。確認した内容は、顧問税理士にも共有してください。

• 担当者の所属・氏名
• 調査の開始日時・場所
• 対象となる税目・期間、調査の目的

実地調査の事前通知は、原則として電話で口頭により行われます。納税者が希望しても、通知内容を記載した書面は交付されません。

調査の目的は確認できますが、自社が選ばれた個別の理由は事前通知の対象ではなく、国税庁は説明しないとしています。対象期間の帳簿や契約書などを整理し、内容に不安があれば税理士に相談しましょう。

提示された日時に合理的な理由で支障がある場合は、担当者に事情を伝え、日程の変更を相談してください。

事前通知がない場合や連絡内容に不安がある場合

事前通知がないときも、担当者の所属・氏名を確認しましょう。調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがある場合などは、事前通知なしで実地調査が行われることもあります。

連絡の真偽に不安があれば、確認した所属先の代表電話に問い合わせてください。対応に迷う場合は、必要に応じて税理士に相談しましょう。

参考：国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」

調査前に準備する資料と注意点

調査前には、通知された対象税目・期間を踏まえ、帳簿や申告書、取引資料を確認しましょう。資料の不足や取引内容が分からない箇所は、事実関係を調べたうえで税理士に共有します。

国税局からの調査と聞くと、なぜ自社が選ばれたのか不安になるかもしれません。ただし、国税局が調査に入ること自体は、不正が確定したことを意味しません。まずは対象期間の取引を説明できるよう、資料をそろえることが大切です。

申告書と決算書に加え、総勘定元帳、請求書、領収書、契約書、預金通帳などを確認します。売上が伸びた時期の取引については、契約内容や入金記録と帳簿を照らし合わせておくと、質問への回答を準備しやすくなります。

確認する際は、次の事項をメモにまとめ、税理士に伝えましょう。

• 通知された対象税目・期間の資料がそろっているか
• 紛失した資料や、所在が分からない資料はないか
• 帳簿と請求書・入金記録の内容に食い違いはないか
• 取引の内容や計上時期について、確認が必要なものはないか

調査の連絡後に、自己判断で資料を処分・改変しないことも大切です。不足や誤りに気付いた場合は隠さず、経緯とともに税理士に共有し、確認方法や対応を相談してください。

よくある質問

Q. 資本金がちょうど1億円でも国税局の担当になりますか？

はい、ちょうど1億円の法人も、原則として国税局の調査部が担当する「資本金1億円以上」に含まれます。法人の規模に基づく役割分担も、国税局が調査を担当する理由の一つです。詳しくは国税庁の資料をご確認ください。

Q. 国税局が来るのは脱税を疑われているからですか？

国税局の調査が入ること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。国税局は法人の規模に応じた調査のほか、税務署では対応が困難な大口事案なども扱います。自社への連絡に不安がある場合は、顧問税理士に相談してください。

Q. 税務調査の事前通知は書面でもらえますか？日程の変更も可能ですか？

実地調査の事前通知は原則として電話による口頭通知で、要望しても通知内容を記載した書面は交付されません。合理的な理由があれば日程の変更を相談できますので、都合がつかない場合は税理士にも確認しましょう。通知の方法は国税庁のFAQでも案内されています。

まとめ

国税局が法人を調査する背景には、法人の規模などに基づく税務署との役割分担があります。国税局は原則として資本金1億円以上の法人や外国法人を担当するほか、大口・困難な事案を扱うこともあります。

国税局から調査を受けると聞くと不安になるかもしれませんが、調査に入ること自体は、不正や脱税が確定したことを意味しません。調査の連絡を受けたら、日時や対象税目、対象期間などを確認しましょう。

そのうえで税理士に連絡し、対象期間の帳簿や契約書を整理してください。初動の対応はその後の調査に影響するため、不安がある場合は税務調査に強い税理士へ早めに相談しましょう。