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更正の請求がきっかけで税務調査が入る?手続きの流れや注意点を解説

読了目安時間:約 6分

「確定申告書を提出したけれど、見直したら税金を納め過ぎていたことに気付いた」ということがあるかもしれません。本来よりも納付した税金の額が少なければ、税務署から連絡が入ったり、税務調査の対象になったりすることがあります。しかし、税金を納め過ぎた場合、税務署から納め過ぎた税金が自動的に還付されることはありません。そのため、支払い過ぎた税金の返金を求める場合は「更正の請求」と呼ばれる手続きを行う必要があります。

申告内容を誤ってしまったのであれば、更正の請求をすればいいと思うかもしれません。しかし、更正の請求を行ったことがきっかけで税務調査に発展する可能性があるため、更正の請求を行う際には慎重に手続きを進めることが大切です。

今回は、更正の請求の流れや更正の請求をすることで税務調査の対象になる理由などについて解説します。

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更正の請求がきっかけで税務調査が入ることはある?

更正の請求がきっかけで税務調査の対象に選ばれてしまう可能性はあります。では、なぜ更正の請求が税務調査につながっていくのでしょうか。更正の請求と税務調査の関係からご説明します。

更正の請求とは

更正の請求とは、税金を支払い過ぎてしまった場合に、納め過ぎた税金の還付を求める手続きのことです。確定申告書を提出した後でも確定申告の期限内であれば、正しく書き直した申告書を期限内に提出することで、特に他の手続きを取る必要はありません。この場合、すでに税金を納付済みである場合であっても、後から提出された申告書をもとに税務署が判断するため、差額は還付されることとなります。

しかし、確定申告の時期を過ぎた後に税金の納め過ぎに気付いたときに、還付を求める更正の請求を行わなければなりません。

更正の請求をするとどうなる?

更正の請求ができるのは、原則として法定申告期限から5年以内です。請求期限内に更正の請求を行った場合、税務署では還付の要求に正当性があるかの確認を行います。内容に問題がなく、請求が認められると納め過ぎた税金については、還付されることとなります。

しかし、確認の結果、請求は認められないと判断されるケースもあり、その場合は税務署から還付は行われない旨の通知がなされます。

更正の請求が発生しやすいケース

更正の請求が発生しやすいケースとしては以下のような状況が考えられます。

・経費として計上するべき金額を計上していなかったため、所得額が多くなっている

・二重に計上した売上があり、納税額が過大になってしまった

・医療費控除や住宅ローン控除の適用を失念したために納税額が過大となった

・ふるさと納税についての控除を申告していなかった

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更正の請求から税務調査につながる理由

更正の請求をすることで税務調査の対象となるリスクは高まります。それには次のような事情があるからです。

更正の請求内容が正しいものであるかを厳しく確認するから

更正の請求を行うと、税務署では請求の内容が正しいかについて確認を行います。特に、更正の請求によって多額の還付金を請求している場合、更正の請求に添付されている証拠書類に不審な点がある場合などは、税務調査に発展しやすくなると言えます。なぜなら、帳簿などを確認しなければ、還付を求めている金額が本当に正しいのかを確認できないからです。

更正の請求とは、一度納めた税金を返金する手続きであり、税務署でも納税者の主張のままに税金を還付できるわけではありません。そのため、還付が発生する更正の請求では、請求の内容の正当性について慎重な審査が行われ、不審な点があれば税務調査に発展するというわけです。

更正の請求を受けるとより厳しいチェックが行われるから

更正の請求については、期限内であればいつでも請求を行うことができます。確定申告のように申告時期が決まっているわけではないため、税務署も更正の請求については、時間をかけて詳細にチェックするケースが多いのです。

また、更正の請求が行われた場合には、請求に関連する箇所だけをチェックするわけではありません。その他の点についてもあわせてチェックがなされるため、更正の請求に関する箇所は問題がなかった場合でも、確定申告書を提出した際には見落としていたミスや不審な処理に気がつくことがあるのです。その場合、税務調査を行い、申告内容の正当性について調べ直すことになります。

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更正の請求をすべきかは、どう判断すべき?

更正の請求を行うことで、税務調査のリスクが増加する恐れがあります。そのため、更正の請求をすべきかどうかは慎重に判断すべきでしょう。

更正の請求はしなくても違法ではない

まず、確定申告書を提出した後に誤りに気がついた場合、納付額が不足しているときには、修正申告を行い、申告し直す必要があります。税額が不足している場合の手続きを「修正申告」と言います。

修正申告を行う場合、納税が不足していたことに対するペナルティとして過少申告加算税の納付が求められます。税務調査時に納税額の不足を指摘された場合も過少申告加算税は課されますが、税務調査を受ける前に自主的に修正申告をした場合、過少申告加算税の税率は軽減される措置が用意されています。

一方、税金が不足している状態ではなく、納め過ぎている状態の場合は、特にペナルティが科されることはありません。そのため、確定申告書の内容にミスがあっても、税額が不足していなければ必ずしも更正の請求をする必要はないのです。更正の請求はしなくても違法行為とはなりません。

還付額がわずかであれば更正の請求をしないという選択も

更正の請求をするためには、更正の請求書を作成しなければならず、更正の請求が正当であることを示す証拠書類も準備しなければなりません。また、請求書を提出した後に税務署から質問がなされれば、過去の帳簿や書類などをチェックしながら回答する必要も出てきます。

更正の請求は、時間と労力がかかる作業です。そのため、一部の経費を計上し忘れた場合など、還付額がわずかであるときなどは更正の請求をしないという選択もあり得るでしょう。

根拠となる証拠書類の有無での判断

更正の請求を行う際には、請求を行う根拠となる領収書などの証拠書類の提出が必要です。客観的な証拠となる証憑書類が十分でない場合、更正の請求をしても、申告が認められない可能性が高くなります。また、不十分な状態で請求を行うことで、かえって不正な処理をしているのではとの疑いが強くなり、税務調査の対象となるリスクを高める可能性もあります。そのため、根拠書類が不十分な場合は、更正の請求を見送った方がよいかもしれません。

反対に更正の請求を裏付ける証拠書類を不足なく提出できるようであれば、更正の請求をすることで還付を受けられる可能性が高まります。

計算ミスや計上漏れの場合は更正の請求を

単純に計算をミスしたために納税額が大きくなっている場合、適用できる税額控除を忘れてしまった場合などは、更正の請求理由を証明しやすいものです。単純なミスによって納税額が過大になっていた場合、ある程度の税金が還付されるようであれば、更正の請求を検討した方がよいでしょう。

迷う場合は税理士に相談を

更正の請求をして、過大に納めてしまった納税額を還付したいけれど、過去の申告内容が正しかったのか自信がないという場合もあるのではないでしょうか。また、税務調査になった場合に指摘されるかもしれない事項があり、更正の請求をすべきか判断に悩むというケースもあるかもしれません。

更正の請求によって還付される税額と、更正の請求をしたことで高まる税務調査リスクを天秤にかけても、どのような対応が適切なのか判断に悩む場合は少なくありません。税理士は税務のプロであり、更正の請求についても適切なアドバイスをもらえる可能性があります。更正の請求を行うべきか悩んだ場合は、税理士に相談してみるとよいでしょう。

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更正の請求のやり方と税務調査リスクを抑えるポイント

では、更正の請求はどのような手続きで進めるのでしょうか。ここでは、更正の請求手続きの進め方と税務調査のリスクを抑えるポイントについてご説明します。

更正の請求書を作成する

まず初めに、更正の請求書を作成します。更正の請求書は、国税庁のホームページからダウンロードするか、e-Taxで作成することも可能です。そのほか、税務署の窓口で用紙を受け取ることもできます。請求の対象となる申告の年度や税目によって、提出すべき用紙も変わってくる点に注意をしましょう。

更正の請求書内には、更正の請求をする理由を記入する欄があります。税務調査を回避するためにはこの欄に、なぜ更正の請求をするに至ったのか、その理由を詳細に記入することが大切です。例えば、経費の計上漏れがあった場合などは、勘定科目や内容、金額まで詳細に記入すると不要な疑いを避けることができるでしょう。指定の欄に入りきらない場合などは、別紙に詳細な理由を記入して添付することも可能です。

また、更正の請求が認められると、納め過ぎた税金が指定口座に振り込まれます。還付先として希望する口座を書き入れることも忘れないようにしましょう。

参考:国税庁「A1-2、H1-1 所得税及び復興特別所得税の更正の請求手続」「C1-12、H1-2 法人税及び地方法人税の確定申告に係る税額等についての更正の請求」

証明書類を準備する

更正の請求書を提出する際には、請求の内容が正しいことを証明する書類の添付が必要です。経費の計上漏れであれば対象の経費の領収書、控除の適用漏れであれば控除証明書などを忘れずに添付しましょう。所得金額が変更となる場合などは、帳簿のコピーを添付しなければならないケースもあります。

税務署に提出する

更正の請求書が完成し、添付すべき証明書類の準備も完了したら、税務署に提出をします。税務署への提出方法は、税務署に持参して窓口に提出する方法、請求書と証拠書類を郵送する方法、e-Taxを使ってオンラインで申請する方法の3つがあります。

更正の請求の内容の審査を受ける

更正の請求書を受け取ったら、税務署では請求の内容を確認し、請求が正当なものであるかを審査します。審査の結果、請求が正当だと認められれば、還付金が指定の口座に振り込まれ、手続きはすべて完了します。ただし、更正の請求書を提出してからすぐに還付金が振り込まれるわけではありません。還付金の入金までは1か月~2か月程度の時間がかかります。

また更正が認められない場合は、更正すべき理由がない旨を通知する書面が届くこととなります。通知書には、請求を否認した理由が記載されており、税務署の判断に不服がある場合は、税務署や国税不服審判所に申し立てを行うことも可能です。

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更正の請求がきっかけで税務調査が入った場合のリスクとは

更正の請求を行うと、より厳格な審査が行われます。更正の請求がきっかけとなり税務調査が行われる場合は、税務署側で何らかの疑いを抱いていると考えられる状況です。

税務調査が入ると、調査官が訪れ、申告に関係する帳簿や書類などを徹底的に調べます。申告内容に不正がないか細かくチェックされるため、何らかのミスが疑われる処理や不審点が見つかれば、なぜそのような処理を行ったのか明確な説明が求められます。調査官が納得できる回答をできなかった場合は、調査官の指摘を受け入れ、修正申告をしなければなりません。

修正申告をする際には、前述のように不足分の税金に加え、過少申告加算税の納税も求められます。税務調査で納付額の不足が発覚した場合に課される過少申告加算税の税率は、原則として追加で納付する税額の10%となります。ただし、追加で納付する税額が当初の申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分については、15%の税率が適用されます。

また、過少申告加算税に加え、税金の納付が遅れたことに対するペナルティとして、延滞税の納付も求められます。延滞税の税率は、納期限の翌日から2か月までと、それ以降で大きく変わる点、納付が完了するまで1日単位で課され続ける点に注意しなければなりません。

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まとめ

更正の請求とは、納め過ぎた税金の還付を求める手続きのことです。更正の請求は、納期限から5年以内であればいつでも申請をすることができます。しかし、更正の請求をすることで税務署の目に留まり、税務調査に発展する事例も見られます。これは、更正の請求書については確定申告書よりもさらに厳しいチェックが行われるためです。

また、更正の請求書を作成するには、時間と手間がかかります。そのため、税金を過大に納めていた場合には、更正の請求をするべきか、慎重に判断をした方がよいでしょう。

税務調査のリスクを含め、判断に悩む場合などは税理士へ相談することをおすすめします。


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この記事の監修者

松本 崇宏

税理士法人松本 代表税理士

松本 崇宏(まつもと たかひろ)

登録者20万人以上のYouTubeチャンネル「税理士法人松本〜税金の裏のウラ〜」を運営。 代表を務める税理士法人松本では、これまでに累計5,000件を超える税務調査のご相談・対応実績があり、国税局査察部、税務署長歴任者・税務調査一筋の現場に強い国税出身のOB税理士が現在14名常駐。
国税当局側の視点を踏まえて、お客様の立場を尊重し、税務調査でお悩みのお客様に適切かつ迅速に対応。また、調査前・調査中に関わらず、あらゆる状況から最善のサポートが可能。
なお、調査結果が追徴税額なしとなる実績も多数取得。税務調査における専門性・経験則・折衝力から最善の結果を導き、お客様の笑顔とありがとうを励みに成長し続けている。

税理士法人松本は国税OB・元税務署長が所属する税理士法人です。

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